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目前變異株在臨床研究或真實世界的資料顯示，莫德納和BNT的中和抗體效價水平下降較原始病毒株快、AZ對於變異株的效果不太好，此部分是呈現疫苗對變異株的抗感染效果，但效果不好並不代表完全無效，而且專家建議接種疫苗，一來可以防重症和死亡的機率，二來可減少及放慢病毒的傳播與複製，產生比較少的變異株，機率上就不容易產生會讓疫苗完全沒效的變異株。

爭議點一：目前變種病毒的狀況為何？台灣的情形如何？
事實：根據世界衛生組織（Ｗorld Health Organization, WHO）所整理且發布之5種重要的「高關注變異株」（Variant of Concern, VOC），為Alpha、Beta、Gamma、Delta和Omicron變異株。2020年下半年Alpha株出現後，漸漸成為全球主流，2021年3月、4月曾最高達45%占比；6月，Delta株占比則迅速竄升，6月21日時已達約27%；11月，Omicron出現，正迅速擴散中。
Omicron是目前全世界最關注的變種病毒株。2021年11月Omicron在南非被偵測到，並且很快在南非擴散開來，台灣也在12月11日定序出3例Omicron確診個案，分別自史瓦帝尼、英國、美國入境。Omicron變異株的棘狀蛋白上有32個突變（9點與Alpha、Beta、Gamma、Delta有相同功能的變異，再加碼多7點與逃避中和抗體相關和增加傳染力的變異）。

Omicron原始毒株BA.1，而後在歐洲出現「Omicron的妹妹」BA.2，近來英國發現最新重組變異株XE，則是兩種病毒的結合，而此變異株XE也在4月2日中央流行疫情指揮中心的記者會中，由醫療應變組副組長羅一鈞公布這隻最新變異病毒株在台灣的首例案例，為3月18日從捷克入境的1位本國籍女性。國內驗出的這例XE變異株個案，在檢疫所採檢的Ct值是15，病毒量很高，不過她屬於無症狀患者，羅一鈞表示，現在國際資料尚無明確顯示XE有更快的傳播或是重症率，需持續觀察。

爭議點二：現有疫苗對變種病毒的效果如何？
事實:國家衛生研究院電子報第899期對COVID-19病毒變異株與疫苗效果的內容中，表示在研發疫苗時，絕大部分是針對S蛋白（S蛋白像是一把鑰匙，用來打開人類細胞的大門），如果我們可以在體內誘發抗體的產生，抗體就會黏上S蛋白，就好比鑰匙上面黏了一大塊東西，就無法插入鑰匙孔，如此一來，病毒就無法進入細胞進行感染，所以S蛋白是一個很好的標的。當病毒變異株在S蛋白產生變異時，會導致S蛋白的形狀改變，而體內疫苗誘發出的抗體，變得認不太出S蛋白，導致有些抗體能黏得上去，有些抗體黏不上去，病毒可利用那些沒有被黏到的S蛋白，進到細胞裡面，造成感染。所以，當這些S蛋白碰到變異病毒出來的時候，科學家都很害怕疫苗對它們效果不好。前台大感染科醫師林氏璧也表示，現有新冠疫苗幾乎都是針對病毒的棘狀蛋白產生抗體，但是Omicron變異株的棘狀蛋白上就有32個突變，很令人擔心疫苗能夠產生的中和抗體是否會更低。

對於變異株在臨床研究或真實世界的資料，莫德納製藥公司於1月26日宣布，首名臨床試驗志願者已接種正在進行二期臨床試驗的新型新冠疫苗追加劑，該追加劑為針對Omicron變種病毒株所研發，此新型加強劑二期試驗預計收案600人，分別在美國境內24處進行，相關研究數據已刊登在國際四大醫學期刊之一的《New England Journal of Medicine》。從此項研究結果看來，施打50毫克的莫德納追加劑，不到四週即可對Omicron病毒株提升20倍的中和抗體效價水平，但在6個月後卻觀察到下降6.3倍，相較對原始病毒株6個月後，中和抗體效價水平下降2.3倍來得更加快速。CNN報導中提到，輝瑞BNT加強劑之相關研究數據亦跟莫德納相差不遠，而牛津發展的阿斯特捷利康（Astra/Zeneca）腺病毒疫苗，在近期的南非臨床實驗就碰到了變異病毒，臨床研究結果顯示，疫苗引發的抗體可以很有效地對抗一般病毒，但對於變異株效果就不太好，在防範中度或輕微感染的效果只有10%。

由以上變異株在臨床研究或真實世界的資料顯示，莫德納和BNT的中和抗體效價水平下降較原始病毒株快、AZ對於變異株的效果不太好的結果，此部分為抗感染效果，對變異株的疫苗效力仍需更多的實驗與觀察。對於疫苗接種的需求，專家建議進行接種，理由有兩點：
其一，疫苗的效果分很多種，除了預防感染之外，還有預防重症與死亡，是非常重要的兩個指標。英國衛生安全局資料顯示，兩針（不分疫苗廠牌）對於住院患者的保護力在2~24週是64%，25週之後會掉到44%，三針後保護力則會增加到92%，5~9週保護力是88%，10週之後是83%。因此目前各國都在努力施打第三針加強劑，特別是針對重症高風險族群。國衛院感染症與疫苗研究所生物製劑廠執行長劉士任解釋，如今上市核可的疫苗，都是最早試驗成功的，當時對抗的是初代的武漢病毒株，面對變種病毒株，效果都會有點打折。

不過目前仍認為，如果疫苗的中和抗體效價，在恢復者血清的中和抗體效價10%內，都還可以預防重症。所以疫苗的抗體濃度愈高，對變種病毒株的保護也愈有用。台大醫學檢驗部副主任張淑媛表示，中和抗體數字並非疫苗保護力的唯一指標，一般打完兩劑疫苗，就算抗體數字下降，人體在真正遇到病毒時，體內也有「免疫記憶」，仍可能可以快速激起抗體來對抗病毒。一篇刊登於知名醫學期刊《刺胳針》（The Lancet）的完整接種兩劑疫苗效果研究也支持此說，疫苗對於重症保護力效果依然很高，就算中和抗體數字下降，也具有免疫記憶來維持保護力，即便會發生突破性感染，也不代表重症保護力會變差。

其二，接種疫苗可減少及放慢病毒的傳播與複製，也就是說會產生比較少的變異株，機率上就不容易產生會讓疫苗完全沒效的變異株。但是如果大家都不接種，或者只有一些人接種，等於一直給病毒練功的機會，使它一直產生變異株，總有一天，它會練功練出一株能完全對抗疫苗的超級變異株。

對於現有疫苗對變異株的效果，查核員亦訪問曾任陽明大學愛滋病防治及研究中心主任陳宜民，以及台北市立聯合醫院中興院區整合醫學照護科主治醫師姜冠宇。陳宜民表示，疫苗是否有效，可以看是有效預防感染，還是有效降低重症與死亡率，Omicron的侵襲力高，現有疫苗打下去有些人可能出現突破性感染，預防感染的效果可能差很多，但預防重症和死亡的效果還是在的。姜冠宇醫師則認為，疫苗的抗感染保護力會隨時間衰退，因此配合公共衛生措施、中高齡人口的疫苗能打就打，降低重症的機率，是防備變異株最好的措施。