爭議點一：柯文哲主張快篩陽就給藥？
事實:北市府發言人陳智菡於5月23日、24日於臉書發文表示，柯文哲市長從來沒有說過快篩陽就要立刻給予抗病毒藥物，他是說現在PCR確診再到法傳通報速度太慢，如果快篩陽且已經出現症狀，經過視訊診療醫生評估有需要，就應該儘速投藥，免得在等待PCR的過程中，延誤了黃金救治時間。
三個重點：
1.為避免等待PCR過程中，延誤黃金治療時間，中央應儘速放寬快篩陽視同確診，經醫生評估後儘速給藥，而不只限定發放予65歲以上長者或特定族群。
2.抗病毒藥物不是想吃就吃，一定要經過醫生評估。
3.指揮中心已經接受柯的意見準備放寬，但目前就是還沒放寬。
在2022年5月24日的台北市防疫因應記者會中，柯文哲面對提問關於快篩陽就給藥的標準及周玉蔻的質疑（影片31:00處)做出回應。柯文哲表示：「當時說快篩陽視同PCR陽，不過這個國家的醫學有成本效益的考量，一人份藥物要兩萬塊，不會說人民確診就發一份給他吃，比較老年人這些重症死亡高的，就算我PCR陽，我還要大於65歲以上，不到65歲還要有糖尿病、心臟病等，我還沒65歲，不符合吃抗病毒藥物的標準，我是照SOP在走的。」

爭議點二：Paxlovid（抗病毒藥物）適用的對象與條件？
事實：根據風傳媒報導，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中22日透露，最快未來1周就開放全民快篩陽視同確診。不過，中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞提醒，快篩陽視同確診的民眾，不是每個人都適用口服抗病毒藥物，符合適用條件的對象，再掛相關門診視訊看診拿藥，避免浪費時間。羅一鈞指出，口服抗病毒藥物適用條件，包括65歲以上長者且還在發病5天內，屬於輕度、未使用氧氣的輕症個案，若未滿65歲則須符合13項特別重症風險因子，例如：癌症、糖尿病等慢性疾病狀況才需要開立藥物，不具有重症風險因子就不需要開立，並不是每個染疫的人都要服用口服抗病毒藥物。

目前指揮中心訂定口服抗病毒藥物適用條件，包括年滿65歲、癌症、糖尿病、慢性腎病、心血管疾病、孕婦與產後6周內婦女、慢性肺疾、結核病、慢性肝病、失能、精神疾病、BMI大於等於30、影響免疫功能之疾病等；其中孕婦和產後6周婦女，僅適用Paxlovid，不適用莫納皮拉韋。 

根據康健文章，輝瑞Paxlovid是FDA第一個通過緊急授權使的新冠肺炎口服藥物，可治療輕到中症的病情，適用於發病5天內、具有重症風險因子之成人，與12歲以上、體重超過40公斤的兒童。不過，Paxlovid與多種藥物會起交互作用，對於肝腎也有不好的影響，如果本身是肝病患者，醫生並不建議使用，至於腎病患者，則需要調整使用劑量，因此藥師游佩雯建議，看診時務必主動告知醫師和藥師平常使用的西藥、中藥、和保健品，領藥時也應耐心等待評估。尤其是正在服用藥物的慢性病患，可將慢性病藥單傳給社區藥局，由專業協助判定若與輝瑞Paxlovid藥物併用的安全性。